月面基地にて謎の爆発が起き、二人の宇宙飛行士が一つのスーツケースを奪い合っていた。最終的にそのスーツケースを奪ったのは赤い目をした宇宙飛行士であった。敗れた宇宙飛行士は「ケンゴ」の名を呼び爆発に飲まれていった。

それから17年後の９月、天ノ川学園高校２年Ｂ組に転校生が入った。リーゼントと短ランという一昔前のヤンキースタイルで教室に入ってきた少年、如月弦太朗。「この学校の生徒全員と友達になる！」と豪語する。

転入初日ということもあり学園のルールを知らない弦太朗に上級生がリンチを与えていると、突然ゾディアーツという怪物が現れる。弦太朗は勇猛果敢にゾディアーツに立ち向かうが、逆に圧倒されて追い詰められてしまう。しかし、明晰な頭脳の持ち主ながら生まれつきの虚弱体質である賢吾が操縦するパワーダイザーの援護もありなんとか事なきを得る。

賢吾はゾディアーツと戦うために、フォーゼドライバーを装着しようとするが病弱体質のために変身できない。それを見かねた弦太朗はドライバーを奪い、仮面ライダーフォーゼに変身しゾディアーツを退ける。こうして、学園生徒全員と友達になる目標を掲げた学園生活を送りながら、仮面ライダーとしてゾディアーツと戦う青春の日々が始まった。